当前，我国合作社出现"泛化"与"异化"的现象，这事关合作社本质属性。但现有研究鲜有从原理上论证合作社的本质属性，也未使用可靠数据检视现实中合作社是否与其本质属性相符。从交易成本理论看，合作社是为实现规模经济而产生的，本质上是要降低单个农户与外部市场打交道时产生的高交易费用，回避"公司"、"公司+农户"等组织方式的缺陷，如雇工劳动监管难题，各主体间激励不相容以及契约履行困难等问题。合作社要实现自己相对于"公司"及"公司+农户"的独特优势，须将农户在生产环节相互独立，在产品加工与流通环节相互联合；农户共同出资、共享产权、共同提供和享受服务，实现个人利益与合作社利益同一；坚持"所有者与惠顾者同一"这一本质属性。
根据这一特征，从社员对合作社财产的占有权、使用权、收益权，以及对合作社剩余提取权和剩余控制权等，采取一半以上社员达到"所有者与惠顾者同一"即实现合作社与其本质属性相符的标准，检视现实中合作社是否达到这一标准。从三个县（市）选取15家不同组织形式、规模的农民专业合作社，详细了解其各项生产成本与收益、盈余分配方式、盈余返还数量、股份结构、理事会成员结构、重大事务决策权等情况，以判断合作社是否与其本质属性相符。
15家合作社案例研究表明，86.7%普通社员没有决策权；普通社员剩余提取权弱，社员拥有"占有权"比例低；合作社盈利能力较弱，60%合作社的年净收益一半靠政策补贴。即13.3%合作社具有"所有者与惠顾者同一"的特征，86.7%合作社不具有这一特征，合作社趋利性与公司化倾向较为明显。
原因在于成员的异质性、与合作社相关的政策和制度环境。不同资源禀赋的成员对合作社决策权和产权制度安排的期待不同。大户为实现高收益预期而壮大合作社规模，但不会为吸纳普通社员让渡"决策权"；普通社员不会为争取"决策权"而放弃地租租金。大户需通过按入股份额分红方式实现对关键投入要素的控制权和收益权，普通社员资源可获得性较弱，也接受这种产权结构安排。
多种类、高收益的政策补贴助长了合作社本质属性异化。地方政府重视合作社的经济发展作用，忽略对合作社运作规范性的监管；对合作社考核过于注重数量，忽视合作社本质内涵和目标；加上扶持"假合作社"低行政成本等因素，使相关法律规章制度得不到有效执行，为合作社本质属性异化提供了条件。
政府需根据不同地域，不同发展阶段、层次及合作类型的合作社，采取差异化、动态的引导和激励机制。
